Топливо T-Stoff размещалось в главном баке емкостью 1040 литров, расположенном в центральной части фюзеляжа и двух 60-литровых баках, размещенных по сторонам пилотской кабины. Над задней частью главного топливного бака размещалась небольшая емкость со «стартовым» запасом T-Stoff. Окислитель C-Stoff находился в четырех баках, установленных в толще крыльев (по два в каждом крыле). Между передней кромкой крыла и главным лонжероном размещались дополнительные 73-литровые емкости. Рядом с ними, за балкой лонжерона, находились основные баки емкостью 173 литра каждый. Все они соединялись трубопроводами с бачком коллектора, установленным в фюзеляже. В нижней поверхности корпуса самолета, поблизости от посадочной лыжи, имелись клапаны, обеспечивающие возможность спуска топлива.
Электрооборудование питалось от аккумулятора (24 V) и генератора (2000 Вт), привод которого осуществлялся небольшим ветряком, расположенным в носовой оконечности машины.
Первый опытный образец Me 163BV1 был построен в апреле 1942 года. В мае начались полеты без мотора, к которым были привлечены и следующие прототипы машины. Испытания проводились в Пеенемюнде. В ходе их проведения, в конце 1942 года в результате несчастного случая получил тяжелые травмы капитан Дитмар — его место занял Рудольф Опиц (Rudolf Opitz). В связи с затруднениями в конструировании нового двигателя испытания затянулись. Тем временем, 1 мая 1943 года А. Липпиш покинул заводы Мессершмитта, приняв руководство Авиационным исследовательским институтом (Luftfahrtforschungsanstalt) в Вене. Двигатель RII 211 прибыл в Пеенемюнде только в июле 1943-го; он был смонтирован на втором прототипе Me 163BV2. После ряда наземных испытаний машина совершила первый полет, пилотировал ее Р. Опиц. Испытание едва не закончилось аварией: во время взлета преждевременно отделилась стартовая тележка. Только молниеносная реакция пилота предотвратила катастрофу.
В это же время английские высотные фоторазведчики «Mosquito» совершили несколько рейдов в направлении Пеенемюнде, сняв на пленку территорию испытательного комплекса После проведенного анализа специалисты идентифицировали запечатленные на них ракетный снаряд на стартовой позиции и небольшой самолет, лишенный хвостового оперения — Me 163В. Прямым следствием этого события стал массированный налет британских бомбардировщиков на Пеенемюнде. После разрушительного налета руководство распорядилось перебазировать экспериментальное подразделение, оснащенное Me 163 (Erprobungskommando 16), вместе со всей материальной частью в городок Бад-Цвишенан (район Ольденбурга). Опиц, пилотировавший машину с неисправной гидравлической системой, получил такие же травмы, как до него Дитмар. Это происшествие заставило разработчиков вплотную заняться решением такой проблемы, как жесткая посадка. Опираясь на разработки доктора И. Шнайдера (Schneider), сотрудники КБ создали новый тип шасси, который, благодаря применению перекрещенных пружин, надежно амортизировал касание земли при приземлении. Это шасси было применено в серийных Me 163В.
На заводах Мессершмитта в Регенсбурге началось производство 70 предсерийных самолетов, 31 из которых получил нумерацию экспериментальных машин. Часть их, обозначенную как Me 163Ва-1, направили в Erprobungskommando 16 для проведения войсковых испытаний. Их главным отличием от самолетов, выпущенных позднее, стало вооружение.
Рис. 94. Проекции ракетного истребителя Me 168В.
Прототип Me 163BV2 получил встроенное вооружение, состоявшее из двух 20-мм пушек Mauser MG 151 /20. «Мессершмитты-163Ва-1» (не получившие нумерации опытных машин с индексом «V») и далее оснащались 20-мм пушками, которые впоследствии (примерно с 47-го экземпляра) были заменены на 30 мм МК 108 фирмы «Rheinmetall-Borsig». Заряжание пневматическое, осуществлялось с помощью сжатого воздуха, поступавшего из размещенных под казенной частью орудий баллонов высокого давления В обоих случаях орудия монтировались в корневой части крыла Боекомплект — 100 патронов у MG 151/20 и 60 у МК 108, — размещался в двух магазинах на ствол. Рефлекторный прицел типа Revi 16В устанавливался перед лобовым бронестеклом. На нескольких экземплярах перехватчика проводились эксперименты с установкой ракетного вооружения: так, под каждым крылом опытного Me 163V2, а затем — одного из предсерийных Me ЮЗА-0 монтировались 12 направляющих НАР R4/M. В самом конце войны планировалось оснащение истребителей Me 163Ва-1 десятью пусковыми установками 50 мм снарядов SG 500 «Jagdfaust», ведущими огонь в вертикальной плоскости Новое оружие было сконструировано разработчиком известного противотанкового гранатомета «Panzerfaust» доктором Лангваилером (Langweiler). Залп SG 500 производился после получения сигнала фотокамеры в момент, когда перехватчик проходил под силуэтом цели — бомбардировщика. После успешных испытаний этот образец вооружения был рекомендован к установке на Me 163 в качестве стандартного Всего SG 500 было оборудовано 12 серийных самолетов, но практически они не успели принять участия в боях Учебные Me 163S вооружения не несли.
Одновременно с завершением выпуска предсерийных Me 163 производство самолетов было перенесено на завод «Hans Klemm Flugzeugbau» (Беблинген), где проводилась окончательная сборка. В соответствии с принятыми правилами, комплектующие поставлялись со всей Германии. Первые серийные машины страдали множеством «детских болезней»: только в феврале 1944 года появилась возможность начать их крупномасштабный выпуск.