Принципиально новая концепция, заложенная в основу конструкции Me 163, потребовала от пилотов специальной подготовки Трудность переучивания строевых летчиков на Me 163B-la «Komet» («Комета» — такое обозначение получил новый самолет) заставила создать специальную учебно тренировочную версию. Для этого летом 1944 года разработан двухместный безмоторный планер Me 163S — кабина инструктора располагалась позади пилотской, на месте главного топливного бака Т Stoff. Точное число машин этой версии неизвестно.
Первая авиационная часть, сформированная под командованием опытного аса, капитана Вильгельма Шпете (Wilhelm Spaete) из Me 163 (Erprobungskommando 16), также была по сути своей учебной Опытные летчики-испытатели, служившие в группе, должны были вырабатывать новую тактику применения ракетного самолета. Параллельно они проводили испытания вновь поступивших машин и выявляли конструктивные дефекты, впоследствии устраняемые разработчиками.
Первая группа из 30 специально отобранных летчиков ВВС начала тренировки на авиабазе Бад-Цвишенан. куда E.Kdo 16 была перебазирована из Пеенемюнде в июле 1943 года. Прежде чем начать полеты на Me 163, пилоты тренировались на учебных планерах «Habicht» («Чайка»). Эти машины, в зависимости от модификации, различались размахом крыла (стандартный 13,2 метров, специальные версии — 10,8 и 6 метров). На них они тренировали навыки выполнения посадки на большой скорости. Затем летчики выполняли шесть полетов на буксируемом Me ЮЗА с пустыми топливными баками и водным балластом После выполнения предварительной учебной программы начинались полеты на реактивном двигателе, а затем весь цикл повторялся на Me 163В. Особое внимание обращалось на совершенствование техники приземления, от которой в значительной мере зависела безопасность пилота. В штатах E.Kdo 16, кроме самолетов Me 163А, находилась первая снабженная вооружением модификация машины — Ba-1.
Поскольку командир «Команды 16» капитан Шпете являлся автором рекомендации по тактике боя на Me 163, он предложил использовать группы «Комет» для обеспечения ПВО конкретных объектов германского военно-промышленного комплекса, расположенных в северной и южной части Германии. Шпете мотивировал свое предложение небольшим радиусом действия Me 163, равным примерно 100 км.
Вступление в бой частей, оснащенных ракетными машинами, началось со значительным опозданием. Одной из причин к этому стало направление на Восточный фронт В. Шпете (последний был назначен командиром группы в 54-й истребительной эскадре). Обязанности командира были переданы капитану Тони Талеру (Tom Thaler). Кроме того базирование Me 163 требовало специального оборудования аэродромов. В течение 1944 года этим условиям отвечали следующие авиабазы: Пеенемюнде, Бад-Цвишенан, Витмундхафен, Штаргард, Удетфельд, Брандис, Венло, Деелен и Гузум.
Первой строевой частью, сформированной в мае 1944 года, стала 1-я эскадрилья 400-й истребительной эскадры (1./JG400). Ее командиром назначили капитана Роберта Олейника (Robert Olejnik), а местом базирования определили Витмундхафен. В состав части включены пилоты из состава E.Kdo 16. Первая встреча союзников с новым немецким оружием произошла 28 июня 1944 года в районе Мерзебурга. Самолеты 1./JG400 действовали с базы Брандис (10 км восточнее Лейпцига), куда это подразделение было передислоцировано в начале июля. Пилоты восьми «Мустангов» 359 и истребительной группы ВВС армии США, эскортировавшие соединение бомбардировщиков В 17, обнаружили пять немецких машин, подходивших в двух звеньях на высоте около 1000 метров. Подходя к бомбардировщикам с тыла, немецкие самолеты летели на скорости порядка 800–900 км/ч, оставляя за собой густые инверсионные следы. Хотя истребители сопровождения попытались преградить противнику дорогу, Me 163 выполнили атаку, а после ее завершения вышли из боя крутым разворотом в сторону солнца. Американцы ни разу не смогли приблизиться к вражеским машинам на дистанцию открытия эффективного огня. Самолеты, которые были упомянуты в рапорте американского генерала Уильяма Кепнера (William Е Керner), входили в силы ПВО завода по производству синтетического топлива в Лойне, расположенного к западу от Лейпцига.
На следующий день, также в районе Мерзебурга, произошло очередное столкновение между Me 163 и американскими истребителями (на сей раз Р 38 «Lightning»). Американцы заявили об уничтожении одной «Кометы», однако, по немецким документам, 1./JG400 не понесла потерь. Первую победу в воздушном бою немцы одержали 16 июля 1944 года в районе Лейпцига — пятерка Me 163, атаковавшая соединение «Летающих крепостей», сбила В 17 из состава 305-й бомбардировочной авиагруппы (отличился лейтенант Хартмут Рилль). «Кометы» также понесли потери: один «Мессершмитт» был уничтожен огнем бортстрелков «Крепости», другой (машина Рилля) — «Мустангом» эскорта. Наибольший успех на долю Me 163 выпал 24 августа, когда они сбили четыре В 17, потеряв одну машину, подожженную истребителем Р 51.
Параллельно на аэродроме Венло (вблизи голландско-немецкой границы) была сформирована 2-я эскадрилья JС 400 под командованием капитана Отто Бенера (Otto Boehner). В конце августа 1944 года подразделение передислоцировали в Брандис, где из него и 1-й эскадрильи образовали 1-ю авиагруппу 400-й эскадры (I./JG 400). Командование группой принял капитан Фульда (Fulda). В конце сентября из Бад-Цвишенана в Брандис была переброшена «Испытательная команда 16». Часть ее персонала отправлена на авиабазу Удегфельд с целью формирования учебно-тренировочной эскадрильи (Ergaenzungstaffel) в составе]G 400. Впоследствии она была преобразована в 4-ю группу 2-й учебной истребительной эскадры (IV./FJG 2) в составе 13-й, 14-й и 15-й эскадрилий. В конце декабря 1944 года из этих подразделений планировалось создан, новую, 3-ю авиагруппу 400-й эскадры (III./JG 400), однако эти планы выполнены не были.