Не дожидаясь завершения испытаний предсерийных машин, немцы начали производство модификации Me 163С-1а. Этот самолет был несколько крупнее, чем его предшественники. Общая конструкция крыла осталась неизменной, но его размах и площадь несущей поверхности стали больше. В увеличенном центроплане смонтировали топливные баки большего объема. Установлен новый фонарь пилотской кабины, его каплевидная форма обеспечивала отличный обзор. В конструкции самолета предусмотрена возможность установки различных типов вооружения: две 30-мм пушки МК 108 или две 20-мм MG 151/20. Кроме двух предсерийных Me 163В-0, были построены три машины модификации С (VI, V2, V3), из которых летал только один. Серийный выпуск версии Me 163С-1а был подготовлен в конце 1944 года, но ухудшившаяся обстановка на фронтах не позволила развернуть его. Все построенные образцы были уничтожены весной 1945 года ввиду угрозы их захвата советскими войсками.
Одновременно с версией С начались работы над созданием модификации D. Опытный образец Me 163DV1 был построен в конце весны 1944 года. Он имел удлиненный на 0,85 метра фюзеляж, крылья снабжались предкрылками на передней кромке. Впервые на машине установлено трехколесное убирающееся шасси с носовой стойкой. Применение колесного шасси обеспечило Me 163 возможность маневрировать после посадки и не создавать затора на ВПП. Вначале проект разрабатывался КБ фирмы «Мессершмитт», но по решению Технического управления Министерства авиации его передали на заводы Юнкерса, в группу профессора Генриха Хертеля (Heinrich Hertel). Наименование было также изменено нa Ju 248Vl, однако впоследствии RLM вновь переименовало машину — уже в Me263Vl. Опытный образец самолета был закончен в августе 1944 года и до конца месяца прошел полетные испытания без мотора (на буксире бомбардировщика Ju 188). Затем в фюзеляже был смонтирован ракетный двигатель HWK 109-509С-4 суммарной тягой свыше 20 кН (до 19,6 кН — главная камера сгорания; 3,92 кН — вспомогательная). Успешные результаты испытаний повлияли на решение Главной комиссии по разработке имперского Министерства авиации (Entwicklungs Hauptkomission), которая 22 декабря 1944 года приняла решение о форсировании работ над машиной и подготовке серийного производства истребителя под обозначением Ме 263А-1. Самолет планировалось вооружить двумя 30-мм пушками, установленными но образцу Me 163В. Однако близкий конец войны перечеркнул эти планы. Единственный экземпляр Me263Vl был захвачен Красной Армией на полигоне в Дессау и вывезен в СССР Впоследствии трофей подвергся исследованиям в КБ А. Микояна и М. Гуревича; полученные результаты использованы при разработке отечественного проекта, получившего индекс И-270. Опыты с Me263Vl завершены в 1946 году.
В 1944 году «Кометой» заинтересовалась японская военная миссия в Берлине. Результатом переговоров стала закупка лицензии на производство ракетного двигателя HWK 109-509А и планера Me 163В. Экземпляр машины в разобранном состоянии был погружен на подводную лодку, направившуюся в направлении порта Кобе. Однако корпус машины не попал в Страну Восходящего Солнца, так как перевозившая его лодка U 852 (по другим данным, U 68) была потоплена союзниками. До Японии добрался только двигатель, впоследствии адаптированный под японские стандарты Институтом морской авиации в Йокосуке под обозначением Toku Ro.2 (Кг-10). Кроме того, японцы располагали общим техническим описанием проекта Me 163, привезенным из Германии инженером Эйити Иватами (Eiichi Iwatami). Располагая такой скромной информацией, в конце июля 1944 года японцы все же приступили к строительству на заводах фирмы «Mitsubishi» прототипа ракетного истребителя, получившего обозначениe J8Ml «Shisui» («Лезвие меча»). Индекс J8М1 применялся в морской авиации — для армии тот же проект разрабатывался под индексом Ki 200. В сентябре был подготовлен макет, а вскоре приступили к сборке опытных образцов. Параллельно по немецкому образцу начались работы над безмоторными учебно-тренировочными планерами, которые получили по-японски поэтичное название MXY 8 «Akigusa» («Осенняя трава»). Первую из этих машин 8 декабря 1944 года поднял в воздух капитан-лейтенант Тоехико Инусука (Toyohiko Inusuka). В серийное производство пошел более тяжелый вариант учебной машины, оснащенный балластными водяными резервуарами, которые имитировали условия полета на J8M1. Армейская версия MXY 8 обозначалась как Кu 13. Японский ВМФ планировал развернуть выпуск еще одной тренировочной версии — MXY 9 «Shuka» («Осенний огонь»), на сей раз оснащенной ракетным двигателем Tsu 11 тягой 11 кН, но это намерение не осуществлено в связи с капитуляцией Японии.
Первый двигатель Toku Ro.2 тягой 15 кН был завершен в начале июня 1945 года. За несколько месяцев до того были успешно облетаны два прототипа J8M1 с водяным балластом вместо мотора и запаса топлива. Первый старт с установленным ракетным двигателем состоялся 7 июля 1945-го, пилотировал его тот же Т. Инусука. Испытания завершились катастрофой — самолет разбился, а летчик погиб. Тем не менее спешно начались работы по достройке пяти оставшихся экземпляров машины, а также по созданию новой версии J8M2 «Shusui-Kai»/Ki 202. Реализовать эти намерения японцы не успели. J8M1 планировалось вооружить двумя 30-мм пушками «Тип 5», на J8M2 вместо одной из них устанавливался дополнительный топливный бак.
Активно занимались разработкой ракетных истребителей и другие немецкие фирмы. Базой для этого стали жидкостные ракетные моторы, уже опробованные на Me 163 и освоенные промышленностью: HWK 109-509А-2 и HWK 109 509С 1/С-4 (все двигатели использовали смесь перекиси водорода и гидразингидрата). Разработчиком этих моторов был уже многократно упомянутый X. Вальтер; кроме указанных выше конструктивных различий, они отличались друг от друга исключительно пропорциями используемых компонентов топлива. Во всех модификациях горючее в камеру сгорания подавалось турбонасосом с парогазовым приводом.