Ракетный мотор второй ступени (тяга 40 кН, время работы 10 секунд) имел шесть сопел, расположенных наклонно. Это решение применялось для того, чтобы обезопасить от воздействия высокотемпературных выхлопных газов размещенную за мотором 150-килограммовую боевую часть. Последняя включала в себя 25-килограммовый заряд ВВ и 3000 шариков с зажигательным составом в кожухе, отлитом из легкого сплава.
На корпусе камеры сгорания (толщина стенок 9,5 мм) были приварены уголки для монтажа шести стабилизаторов размахом 2,65 метров, которые снимались при транспортировки ракеты. На двух из них размещались антенны, еще на двух — трассеры для контроля траектории. Последняя пара оснащалась рулями вспомогательной системы стабилизации положения ракеты в полете.
Над ракетным двигателем (длина 1,13 метров) размещался отсек для приемника радиокоманд и другой электронной аппаратуры. В верхушке ракеты устанавливались электрические сервомоторы, служившие приводами рулей. К оборудованию относился и акустический неконтактный взрыватель типа «Kranich».
Полетные испытания были развернуты в августе 1943 года в районе Либавы (ныне Лиепая, Латвия). До июля 1944 года было осуществлено 34 пуска, результаты которых стали базой для проектирования нового варианта этой ракеты. Испытания продолжались и позднее — всего до 5 января 1945 года было запущено 82 ракеты, из которых только четыре потерпели аварию.
Решением комиссии Дорнбергера, несмотря на достигнутый высокий уровень проработки системы, 6 февраля 1945 года дальнейшие работы над ракетой «Райнтохтер» были остановлены. 20 февраля в Пеенемюнде должны были состояться сравнительные испытания нескольких образцов ЗУР, к которым было подготовлено 20 ракет этого типа; неизвестно, были ли в действительности проведены эти стрельбы. После войны большая часть ракет «Райнтохтер» попала в руки Красной Армии в качестве трофея.
Министерство авиации требовало, чтобы все типы ЗУР могли достигать высоты 10–12 км. Этим стандартам в полной мере должна была соответствовать ракета «Rheintochter 3». Работы над данным проектом начались в мае 1944 года и продолжались относительно быстро, поскольку еще к январю 1944 года было проведено шесть полетных испытаний неуправляемых образцов этого оружия. Тип системы управления так и не был избран — ряд источников утверждает, что оборудование ракеты предполагалось дополнить еще одним каналом инициирования боевой части по команде оператора из центра управления огнем. Поскольку 20 февраля 1945 года пятнадцать экземпляров «Райнтохтер 3» планировалось направить на доработку в Пеенемюнде, проблему управления ракетой каким-либо образом требовалось решить в кратчайшие сроки.
«Райнтохтер 3» была спроектирована в двух версиях. Наиболее детально разработанным был вариант R-3F (или R-IIIF) с ЖРД конструкции доктора Конрада, размещенным во второй ступени. В начале 40-х годов приемлемый срок работы ракетного двигателя наиболее простым способом можно было достичь только путем использования жидкого топлива. Модифицированный мотор Конрада с пневматической подачей топлива в камеру сгорания (снабжалась регенеративной системой охлаждения) использовал комбинацию азотной кислоты (335 кг) и Tonka 250 (88 кг), либо азотной кислоты и смеси Visol. Он обеспечивал бесперебойную работу в течение 53 секунд — через 15 с после включения развивалась тяга 21,4 кН, впоследствии снижавшаяся до 17,65 кН. Поскольку камера сгорания с соплом должна была разместиться в хвостовой части ракеты, боевую часть перенесли несколько дальше к центру корпуса, между баками с жидким топливом. Размещение большинства прочих основных узлов и агрегатов было заимствовано из конструкции «Райнтохтер 1».
Вместо тандемного размещения ступеней была применена параллельная схема — два двигателя первой ступени своими боковыми частями прикреплялись к корпусу второй. Двигатели использовали по 150 кг дигликолевого пороха и через 0,9 секунд развивали суммарную мощность около 654 кН.
Версия R-3P (R-IIIP) снабжалась твердотопливным двигателем второй ступени. Его заряд представлял собой шашку дигликолевого пороха диаметром 500 мм и массой 450 кг, которая обеспечивала работу двигателя в течение 40 секунд. До 6 февраля 1945 года, когда дальнейшая разработка была прекращена, удалось провести только статическое испытание ТРД на стенде.
Ракета «Райнтохтер 3» массой 1565 кг должна была выпускаться с ПУ полузакрытого типа. Стартовая рампа для нее была полностью построена, однако в связи с отменой дальнейших работ по проекту монтаж пусковых установок не состоялся.
В своих мемуарах министр вооружений Шпеер пишет о своей роли в эпопее с созданием ЗРК так: «Нам следовало бросить все силы и средства на производство ракеты класса „земля — воздух“. Ведь если бы мы сосредоточили усилия талантливых специалистов и технического персонала руководимого Вернером фон Брауном научно-исследовательского центра в Пенемюнде на доработке этой, получившей кодовое название „Вассерфаль“ зенитной ракеты, то уже в 1942 году могли бы приступить к ее крупносерийному выпуску.
От самонаводящейся ракеты… не мог уйти практически ни один вражеский бомбардировщик. Запуск ее можно было производить как днем, так и ночью, невзирая на облачность, мороз или туман. И уж если мы могли позднее выпускать девятьсот „Фау-2“, то наверняка бы сумели производить в месяц несколько тысяч требующих гораздо меньше затрат зенитных ракет. Я до сих пор убежден, что с помощью этих ракет и реактивных истребителей уже весной 1944 года можно было надежно оградить наши промышленные объекты от воздушных налетов. Не в последнюю очередь именно по этой причине мы так и не смогли добиться коренного перелома в воздушной войне» (10, с. 488).